Զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանության հարցը Հայաստանի մարդու իրավունքների պաշտպանի աշխատանքի հիմնական ուղղություններից մեկն է։
Այս ոլորտում հաստատված է արդյունավետ համագործակցություն Պաշտպանության նախարարության հետ:
Մարդու իրավունքների պաշտպանի 2017 թվականի տարեկան հաղորդման մեջ մեծ բաժին է հատկացվել զինապարտության փուլերում մարդու իրավունքների և ազատությունների պաշտպանության հետ կապված հարցերին, ոչ լիարժեք կարգավորումներով պայմանավորված Հայաստանի Հանրապետության զինապարտ քաղաքացիների իրավունքների պաշտպանության ապահովման հիմնական խնդիրներին, ինչպես նաև դրանց լուծմանն ուղղված առաջարկներին։
Տարեկան հաղորդմամբ ներկայացված խնդիրները վեր են հանվել ՀՀ մարդու իրավունքների պաշտպանին հասցեագրված դիմում-բողոքների, դրանց հիման վրա զինվորական հաստատություններ այցերի, ինչպես նաև զանգվածային լրատվության միջոցների և քաղաքացիական հասարակության կազմակերպությունների՝ զինապարտների իրավունքների և ազատությունների պաշտպանությանն առնչվող հրապարակումների հիման վրա։
Մարդու իրավունքների պաշտպանի աշխատակազմը սկսում է զեկույցների հանրայնացման գործընթաց, որոնք կներկայացվեն ինֆոգրաֆիկաներով։
Մարդու իրավունքների պաշտպանի առաջարկները կապված զինծառայողների և նրանց ընտանիքի անդամներին ոչ ֆինանսական բնույթի արտոնություններ տրամադրելու, ինչպես նաև զինծառայողների իրավունքներին առնչվող բողոքների ուսումնասիրության հիման վրա մշակված և շրջանառության ներկայացված օրենսդրական նախագծերի փաթեթի վերաբերյալ ավելի մանրամասն տեղեկություններ զետեղված են տարեկան հաղորդման 266-302 էջերում։